به رغم اینکه دردهه‌های اخیراهمیت ایمنی غذایی بیشتر مورد توجه است ولی هنوز مشکلات زیادی از نظر فساد مواد غذایی و شیوع مسمومیت‌های مواد غذایی درکشورهای گوناگون وجود دارد.
برای تولید محصولات زراعی سالم باید عوامل تهدیدکننده‌ی آن را شناخت و از علم و فناوری و روش‌های سالم تولید برای جلوگیری از آن کوشش کرد. کشاورزی رایج‌ روی کیفیت خاک و آب اثر می‌گذارد. کشاورزی رایج به شیوه های مختلف تولیدات آینده را تحت تاثیر قرار می‌دهد.منابع کشاورزی مانند خاک، آب وتنوع ژنتیکی بیش از حد مورد بهره برداری قرار گرفته ودر حال انهدام هستند. فرایندهای اکولوژیک درمقیاس جهانی که کشاورزی در نهایت به آنها وابسته است، دگرگون گشته وشرایط اجتماعی لازم برای حفاظت منابع ضعیف وبدون پشتوانه شده اند. سیستم‌های مدیریت تناوبی از قبیل کشاورزی ارگانیک و کشاورزی بیودینامیک بر اساس اصل بی خطر بودن برای محیط و بالا بردن کیفیت آب و خاک در مقایسه با روش‌های رایج پایه ریزی شده اند.این سیستم ها تأکید ویژه‌ای بر امنیت مواد آلی خاک و فعالیت‌های زیستی و ترویج استفاده از مواد و کود های طبیعی دارد .برای کاهش اثرات منفی کود های شیمیایی بایستی از کودهای آلی و زیستی به صورت تلفیقی استفاده کرد و همچنین با استفاده از تکنولوژی کشاورزی دقیق مقدار استفاده از کودهای شیمیایی را متناسب با نیاز گیاه تنظیم و بدین طریق از مصرف بی رویه آنها که آلودگی محیط زیست و تهدید سلامت انسان را به دنبال دارد جلوگیری کرد.