به منظور بررسی تنوع آللی و عدم تعادل لینکاژ در توده والدینی ارقام برنج، از 24 نشانگر ریزماهواره (SSR) با جایگاه فیزیکی مستقل در ژنوم برنج استفاده شد. آغازگرهی ریزماهواره در مجموع 87 آلل (بطور متوسط 6/3 آلل به ازای هر آغازگر) تولید کردند که کمترین و بیشترین تعداد آلل مربوط به آغازگرهای ریزماهواره RM317 و RM551 با 2 و 6 آلل بود. طبق روش Evanno تعداد گروه‌های واقعی موجود در جمعیت مورد مطالعه، k=5 برآورد شد. ساختاربندی جمعیت با روش بیز نشان داد که تنوع خوبی در جمعیت وجود داشت. گروه 1 منحصراً از ارقام محلی ایرانی آروماتیک، گروه 2 از ارقام اصلاح شده با منشأ IRRI، گروه 3 از والدین پدری برگرداننده باروری (Rf) با منشأ IRRI، گروه 4 از ارقام اصلاح شده پرعملکرد ایرانی و امریکایی و گروه 5 از ارقام اصلاح شده ایرانی تشکیل شد. همچنین این آنالیز مشخص کرد که برخی ارقام از ژنوم یکنواختی برخوردار نبوده بلکه بر اثر اختلاط ژنتیکی پیچیده تکامل یافته‌اند. نمونه آن ارقام ایرانی محمدی چپرسر، غریب و پویا و رقم بین‌المللی IR68897 می‌باشند. طبق رگرسیون مجانبی، 20/0=r2 بعنوان تجاوز از تعادل لینکاژ تعیین شد و بررسی عدم تعادل لینکاژ (LD) مشخص کرد حدود 6/15 درصد از ترکیبات جفتی لوکوس¬¬ها در وضعیت عدم تعادل لینکاژ قرار داشتند. با توجه به اینکه لوکوس¬های مورد بررسی همگی از نظر فیزیکی مستقل هستند و انتظار می‌رود در وضعیت تعادل لینکاژ قرار داشته باشند، این عدم تعادل لینکاژ می¬تواند ناشی از فشار انتخابی هم‌جهت در نواحی ژنومی حامل این لوکوس¬ها باشد و به احتمال زیاد این نواحی ژنومی حامل ژن¬های مهم دخیل در سازگاری به شرایط اقلیمی می¬باشند.