امروزه آلودگی منابع آب زیرزمینی در اثر فعالیت های کشاورزی، یکی از مهم ترین مسائل زیست محیطی در سراسر جهان محسوب می شود. در این پژوهش به منظور ارزیابی آلودگی منابع آب زیرزمینی دشت مجن به نیترات و فسفات 18 نمونه آب از چاه های کشاورزی موجود در منطقه در تیر ماه سال 1392 برداشت شد. پارامترهای pH و EC در محل نمونه برداری و غلظت نیترات و فسفات در آزمایشگاه با استفاده از روش های استاندارد اندازه گیری شد. نتایج به دست آمده نشان می دهد pH نمونه ها قلیایی است (میانگین 97/7) و میانگین هدایت الکتریکی نمونه ها 94/598 میکروزیمنس بر سانتی متر است. براساس داده های به دست آمده غلظت نیترات در 35 درصد نمونه ها بالاتر از مقادیر استاندارد سازمان بهداشت جهانی است. در حالی که غلظت فسفات در همه نمونه ها پایین تر از مقادیر استاندارد سازمان بهداشت جهانی می باشد. همچنین ارتباط مشخصی بین عمق چاه ها با پارامترهای شیمیایی و غلظت نیترات و فسفات مشاهده می شود، بدین ترتیب که با افزایش عمق چاه ها مقادیر pH افزایش می یابد اما EC، غلظت نیترات و فسفات کاهش می یابد. این موضوع نشان دهنده ی منشأ سطحی نیترات و فسفات در آب زیرزمینی منطقه است. گسترش فعالیت های کشاورزی و افزایش استفاده از کودهای نیتروژنه و فسفاتی در مزارع دشت مجن باعث افزایش انتشار فسفات و آبشویی نیترات از خاک به منابع آب زیرزمینی شده است.