مگس میوه مدیترانه ای (Ceratitis capitata (Dip., Tephritidae از مهمترین و خطرناک ترین آفات درختان میوه در دنیا و ایران می باشد. با توجه به گسترش وسیع این آفت در ایران و خسارت جدی آن به باغات میوه از جمله باغات مرکبات شمال کشور لزوم توجه و مطالعه همه جانبه بر روی آفت به خصوص از جنبه ژنتیکی به شدت احساس می شود. آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی و ارتباط شجره شناسی جمعیت ها، در شناخت بهتر کانون های حمله آفت و برنامه ریزی صحیح برای کنترل سودمند می باشد. تاکنون در کشور ما هیچ گونه تحقیقی در ارتباط با تنوع ژنتیکی و روابط تکاملی درون گونه ای مگس میوه مدیترانه ای صورت نگرفته است. نشانگر های میتوکندریایی ابزاری مناسب برای بررسی تنوع ژنتیکی و فیلوژنی موجودات جانوری در دنیا می باشند، لذا در این پژوهش، برای بررسی تنوع ژنتیکی، از دو نشانگر میتوکندریایی (ND4، ND5) استفاده شده است. بدین منظور نمونه های مگس میوه مدیترانه ای از چند شهرستان استان مازندران جمع آوری گردید. ژنوم هر یک از حشرات بالغ استخراج و سپس DNAاستخراج شده با آغازگرهای ND4 و ND5 بوسیله واکنش PCR تکثیر گردید. در نهایت محصولات PCR توالی یابی شد. درخت فیلوژنی به روشMaximum Liklihood ، از توالی های آماده شده ترسیم گردید. نتایج حاصل از این بررسی نشان دهنده ی تنوع ژنتیکی بسیار اندک بین جمعیت های مختلف مگس میوه مدیترانه ای در استان مازندران می باشد. تنوع ژنتیکی اندک جمعیت¬ها بیانگر حضور کوتاه مدت مگس میوه مدیترانه ای در باغات مرکبات استان مازندران می باشد.