بابونه (.Matricaria chamomilla L) به دلیل کاربردهای متعدد، یکی از مهمترین گیاهان دارویی در تجارت جهان محسوب می شود. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی 4 توده بومی بابونه شامل جمعیت های جمع آوری شده از مناطق خوزستان، جم و ریز، کرمانشاه و همدان بر اساس خصوصیات مورفولوژیک، آزمایشی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار انجام شد که صفات قطر گل، وزن خشک گل و وزن تر گل مورد تجزیه واریانس قرار گرفت. مقایسه میانگین به روش دانکن در سطح معنی داری 05/0 انجام شد و همچنین ضریب تنوع فنوتیپی این صفات نیز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس برای صفت قطر گل و وزن خشک گل اختلاف معنی داری را در سطح احتمال پنج درصد نشان داد اما توده های بابونه برای صفت وزن تر گل اختلاف معنی داری نداشتند که بیانگر ضریب تنوع فنوتیپی (25/39) بسیار کم این صفت می باشد. بیشترین قطر گل مربوط به جمعیت جم و ریز (52/22) بدست آمد و بیشترین وزن خشک گل (64/46) در جمعیت همدان مشاهده شد که بیانگر ظرفیت توده های بومی در بهنژادی این ویژگی ها می باشد.