امروز باتوجه به تقاضای روز افزون جمعیت جهانی به آبزیان، آبزی¬پروری و تولید تجاری آبزیان با مشکلاتی مواجه است که عمده-ترین این مسائل مربوط به بیماری¬ها و همچنین پارامترهای مربوط به رشد می¬باشد؛ از آنجایی که متابولیسم و سازوکار بدن همه-موجودات زنده تحت تاثیر پروتئین¬ها می¬باشد بنابراین پیش¬بینی روند فعالیت¬های مربوط به آن¬ها می¬تواند در مسیر انتخاب روش-های مناسب جهت کنترل و درمان بیماری¬های آبزیان، افزایش پارامترهای رشد و همچنین اصلاح نژاد در آبزیان کمک شایانی باشد؛ بنابراین استفاده از دانش¬های نوین بیوانفورماتیک قادراست تا در این جهت کمک¬کننده باشند. شبیه¬سازی¬دینامیک ملکولی علمی¬است که از ترکیب چند دانش علوم¬زیستی، ریاضیات و الگوریتم¬های پیشرفته رایانه¬ای، شیمی و فیزیک پایه¬ریزی شده¬است؛ این دانش در زمینه¬های طراحی دارو و واکسن و آنتی¬بادی¬ها کاربرد داشته و در زمینه مطالعات بر روی پروتئین و پپتید و سایر ماکرو و میکرو ملکول¬ها و از جمله DNA بسیار مورد توجه می¬باشد؛ بنابراین آشنایی هرچه بیشتر با این علم از نظر کاربردی و علمی برای محققان علوم مختلف زیستی از جمله علوم آبزیان بسیار ارزشمند بوده و می¬تواند علاوه بر بازدهی بالای فعالیت¬های مذکور موجب صرفه¬جویی در زمان و هزینه¬ها گردد. بنابراین در مطلب حاضر سعی بر آن است تا کابرد این دانش در جهت ارائه و استفاده¬ی کاربردی در علوم آبزیان مورد بحث قرار گیرد.