هدف اصلی در کشاورزی ارگانیک جایگزینی نهاده¬های طبیعی مانند کود-زیستی، کمپوست و عناصر غذایی به جای کود¬های شیمیایی و هورمون ها است. از طرفی این نهاده‌های طبیعی بر افزایش میزان تولیدات، محافظت از گیاهان دارویی در برابر آفات و بیماری‌ها‌، حفظ تنوع ژنتیکی گیاهان دارویی‌، افزایش بیوسنتز مواد موثر، افزایش سرعت رشد و عملکرد زیست توده گیاهان دارویی نیز تأثیر دارد. بنابراین یکی از چالش های موجود در سر راه کشت گیاهان دارویی ارگانیک، شناسایی دقیق بر هم‌کنش‌های این نهاده‌های طبیعی بر گیاهان دارویی است. از نهاده‌های طبیعی‌ای که بر گیاهان دارویی تأثیر مثبتی دارد می‌توان به عناصر غذایی، کمپوست‌ها، کودهای زیستی باکتریایی، کیتوزان و کشت مخلوط گیاهان دارویی اشاره کرد.