اندوفیت ها گروهی از میکروارگانیسم های همزیست درونی هستند که در گیاهان و میکروب¬ها زندگی می¬کنند و به آسانی از هرگونه محیط میکروبی یا رشد گیاه می¬توانند جدا شوند. آنها بعنوان منابع اصلی برای تولید متابولیت¬های مهم طبیعی زیستی از قبیل آلکالوئیدها، بنزوپرانون ها، بنزوکینون ها، فلاونوئیدها، فنل ها، استروئیدها، ترپنوئیدها، تترالون ها و زانتان ها، با پتانسیل گسترده ای برای کشف درمان جدید نقش بازی می¬کنند. اندوفیت¬ها به عنوان افزایش¬دهنده رشد میزبان و جذب مواد مغذی شناخته شده¬اند. آنها ممكن است توانايي گياهان برای تحمل انواع تنش¬هاي مختلف غيرزيستي و زیستی را بهبود ببخشند و مقاومت گياهان به حشرات و آفات را تقويت کنند. آنها فیتوهورمون¬ها و سایر ترکیبات فعال زیستی مورد توجه بیوتکنولوژیست¬ها (آنزیم¬ها و ترکیبات دارویی) را تولید می¬کنند. اندوفیت¬ها به واسطه ویژگی¬های درمانی آنها زباد مورد مطالعه قرار گرفته نشده اند. یک اندوفیت ممکن است قادر به تولید چندین متابولیت باشد. در نتیجه، توجه به نقش اندوفیت¬ها در تولید متابولیت¬های جدید برای استفاده در دارو مورد نظر می¬باشد. بنابراین، آنها می¬توانند متابولیت¬ها را در میزبان به مواد مفید مهندسی کنند. ترکیبات مؤثری مانند آنتی¬بیوتیک¬ها، ضد سرطان¬ها، داروهای کنترل بیولوژیکی و سایر ترکیبات کارکردی قبلاً از اندوفیت¬ها بدست آمده-اند. جمعیت اندوفیت¬ها در یک گونه گیاهی بسیار متغیر است و به عوامل مختلفی از قبیل گونه¬های میزبان، مرحله رشدی میزبان، تراکم تلقیح و شرایط محیطی بستگی دارد. تولید مواد مؤثره به تکامل این میکروارگانیسم¬ها وابسته است که ممکن است در اطلاعات ژنتیکی با گیاهان میزبان سهیم باشد، این امر به آن¬ها امکان می¬دهد تا با میزبان خود بهتر سازگار شوند و اقدامات خاصی مانند سنتز ترکیبات شیمیایی موجود درون این گیاهان را انجام دهند. محققان بر این باورند که دلیل تولید برخی از ترکیبات شیمیایی توسط اندوفیت¬ها، این است که یک نوترکیب ژنتیکی در طی تکامل بین اندوفیت و میزبان آن رخ داده است. این همان نظریه¬ای است که در ابتدا به عنوان توضیحی مبنی بر اینکه چرا قارچ Taxomyces andreanae باید تاکسول تولید کند، ارائه داده است. بنابراین، اگر اندوفیت¬ها می¬توانند مواد فعال مهم و ترکیبات کمیاب را همانطور که میزبان خود تولید می¬کنند ایجاد نمایند که منعکس کننده یک کار مهندسی می¬باشد؛ این امر نه تنها نیاز به گیاهان کمیاب و کم رشد را کاهش می¬دهد، بلکه باعث حفظ کاهش تنوع زیستی جهان می¬شود. علاوه بر این، نشان داده شده است که تولید محصولات با ارزش از یک منبع میکروبی آسانتر و اقتصادی¬تر است و برای کاهش قیمت فروش آنها مؤثر می¬باشد.