گياهان و جانوران بخش مهم و کليدي اکوسيستم¬هاي طبيعي را تشکيل مي دهند. در بسیاری از نقاط کشورمان علت وجودی و مشخصات اکوسیستم های گیاهی ( نوع پوشش گیاهی، تراکم و میزان گسترش آن ) و جانوری بطور مستقیم و غیر مستقیم متاثر از شرایط زمین شناسی است. بنابراین تاثیر کالدرای بیدخوان بعنوان یک پدیده زمین شناسی بر تغییرات پوشش گیاهی و فون جانوری مورد مطالعه قرار گرفت. براساس مشاهدات صحرايي، سيماي گياهي آتشفشان به صورت بوته زار است و گياهان غالب منطقه را کما (Ferula ovina)، گارچی (Ferulago angulate)، درمنه کوهی (Artemisia aucheri)، گون کتيرايي درشت (Astragalus rhodosemius) و گون علفی (Astragalus siliquosus) تشکيل مي¬دهند. اين گياهان در دامنه هاي شمالي و جنوبي، از شيب کم تا شيبي حدود 70 درجه ديده مي¬شوند و در بخش¬هاي غير صخره¬اي پراکنش وسيعي دارند. همچنین گياهان این کالدراي برمبناي محل قرارگيريشان در محيط¬هاي صخره¬اي، ارتفاعات، سطوح واريزه¬اي پايدار و ناپايدار و در اطراف محيط¬هاي آبي تقسيم¬بندي گرديدند. بر اين اساس، گياهان صخره¬زي منطقه مانند هوم (Corydalis rupestris) و کاهوی کرمانی (Lactuea hazaranensis)؛ گياهان ارتفاع¬پسند مانند آویشن (Thymus) و لاله سفید(Tulipabiflora) ؛ گياهان موجود در مناطق واريزه¬اي ناپايدار مانند نخود وحشی (Cicer spiroceras) و گارچی (Ferulago angulat)؛ گياهان موجود در مناطق واريزه¬اي پايدار مانند گون کتیرایی (Astragalus dschuparensis) و گون بادکنکی (Astragalus reuterianus) و گياهان آب¬دوست مانند باربارآ (Barbarea) و کارکس (Carex sp.) مي¬باشند. مخروط آتشفشان بر محيط جانوري نيز تاثير داشته است. بدين صورت که پلنگ در شکاف سنگ ها و حفره هاي طبيعي، گرگ در دامنه¬هاي مرتفع جنوبي و آفتابگير مخروط آتشفشان، شغال و روباه معمولي در حفرات درون صخره ها و تونل هاي حفر شده در خاک¬هاي نرم نزديک آبادي ها، قوچ بيشتر در پاي مخروط و محل قرارگيري روستاهاي موجود در دهنه کالدرا و در بخش تپه ماهوري آتشفشان، پازن در قسمت هاي مرتفع مخروط بيدخوان و بندرت در کوهپايه مخروط، خفاش در سوراخ و شکاف ديوارها، سوراخ درختان و داخل يخچال طبيعي، سيخور و هامستر خاکستري در روستاهاي دهنه کالدرا و در مجاورت باغ ها و مزارع، جرجيل بلوچي در اطراف جوي ها و برکه هاي آب نزديک به آبادي¬ها، خرگوش در علف زارها، پايکا در شکاف و سوراخ هاي سنگ هاي منطقه زيست مي کنند.