تنوع ژنتیکی اساس اصلاح نباتات می باشد. در این مطالعه ، بررسی تغییرات ژنتیکی تعدادی از لاین های جهش یافته نسل هفتم (M7) آفتابگردان حاصل از تیمار لاین AS¬-613 با دوز 75 گری اشعه گاما با استفاده از نشانگر ISSR بررسی شد. تعداد 10 آغازگر ISSR با تکثیر مناسب در واکنش زنجیره ای پلیمراز برای انگشت نگاری لاین¬های جهش یافته آفتابگردان استفاده شدند. در مجموع تعداد 237 نوار به وسیله آغازگر ط1شهای ISSR تکثیر شد که تعداد 77 نوار در بین تمام لاین¬ها یک شکل و 160 نوار چند شکل بودند. نتایج نشان داد که بیشترین درصد چند شکلی مربوط به آغازگر ISSR_26 (84%) و کمترین درصد چند شکلی مربوط به آغازگر ISSR_21 (13%) می¬باشد. با استفاده از ضریب تشابه جاکارد، بیشترین شباهت (0.91) بین لاین های M7-135-2 با M7-214-1 و کمترین شباهت (0.63) مربوط به دو لاین AS-613 و M7-676-1-1 بود. ماتریکس تشابه حاصل از ضریب جاکارد و دندوگرام حاصل از تجزیه خوشه ای به روش UPGMA ترسیم گردید. نتایج نشان دهنده این است که نشانگرهای ISSR می توانند به نحو مطلوبی برای شناسایی تنوع موجود در نواحی بین ریز ماهواره ای در ژنوم آفتابگردان بکار روند. با استفاده از تابش گاما می توان تغییرات ژنتیکی پایدار ایجاد کرد و با یافتن جهش¬های مفید می توان از این لاین های موتانت در برنامه اصلاحی استفاده کرد.