فلور باکتریایی در ماهیان زینتی حائز اهمیت بالای می باشد که در مواقع استرس در محیط های بسته نگهداری آبزیان می تواند به عنوان پاتوژن ثانویه سبب بیماری گردند. جهت کاستن و به حداقل رساندن فلور باکتریایی امروزه از ترکیبات شیمیایی از قبیل فرمالین و داروهای آنتی باکتریال استفاده می گردد که خود سبب عوارض از قبیل استرس و آسیب های فیزیکی و شیمیایی مخصوصا در آبشش می گردد. اجرای عملیات ضد عفونی موفق مستلزم آگاهی از خواص ضدعفونی کننده های مختلف به همراه غلظت های مناسب هر یک از آنهاست. با توجه به منشاء گیاهان دارویی و بالا بودن مرز سلامتی این داروها در زمان درمان و فعالیت های چندگانه به دلیل مواد تشکیل دهنده مختلف در این بررسی از اسانس آبی گیاه گشنیز استفاده گردید. در این بررسی به تاثیر میزان مهار کنندگی عصاره گیاه گشنیز بر کاهش بار باکتریایی پوست و آبشش ماهیان کوی به عنوان سطحی ترین اعضای بدن در معرض باکتری ها پرداخته گردید. اثرات دارو با غلظت ها 10 ، 20 ، 40 و 50 ppm ، با سه تکرار، طی 1 ساعت (به صورت حمام ) در سه روز متوالی بصورت مقایسه کشت های باکتریایی با تیمار شاهد (بدون ضدعفونی) مقایسه گردید. نتایج مقایسه ی میانگین تعداد کل باکتری ها در پوست و آبشش ماهیان، نشان دهنده ی وجود اختلاف معنی دار آماری در بین گروه های آزمایشی تیمار شده با عصاره گشنیز در مقایسه با گروه شاهد بود بطوریکه عصاره گشنیز توانست بطور موثری بار باکتریایی پوست و آبشش را کاهش دهد (0/05˂ p).