حنا با نام علمیLawsonia inermis دارای خواص دارویی زیادی از جمله ضد تب، ضد درد وضد قارچ است . اولین قدم برای کارهای به نژادی، اطلاع از تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوند بین ژنوتیپ های موجود است. در این پژوهش به منظور بررسی تنوع ژنتیکی دوازده اکوتیپ مختلف گیاه دارویی حنا در استان کرمان از نشانگر مولکولی ISSR استفاده شد. DNA ژنومی اکوتیپ های جمع آوری شده به وسیله روش CTAB استخراج شدند. پس از انجام واکنش PCR با سه آغازگرISSR ، محصولات بدست آمده با استفاده از ژل آگارز 1% مورد ارزیابی قرار گرفتند. پس از انجام الکتروفورز 338 باند شناسایی شد که در محدوده 200 تا 1200جفت باز قرار داشتند. در مجموع از 338 قطعه DNA تکثیر شده 181(3/55 درصد) چند شکلی دیده شد. تجزیه خوشه¬ای و گروه بندی ژنوتیپ ها نیز بر اساس ضریب تشابه جاکارد و با استفاده از روش UPGMA و با استفاده از نرم افزار NTSYS انجام شد. کمترین تشابه ژنتیکی بین دو اکوتیپ شهداد(Sh4)و بم(bb) (0/00) و بیشترین تشابه ژنتیکی بین دو اکوتیپ جیرفت (j5وj2) (82/0) مشاهده گردید. اکوتیپ ها بر اساس تجزیه کلاستر در پنج گروه مختلف قرار گرفتند. در ادامه تجزیه به مولفه های اصلی نیز انجام شد. سه مولفه اصلی 72/50% از تغییرات را پوشش داده است. نتیجه این پژوهش نشان داد که نشانگر ISSR برای بررسی تنوع ژنتیکی گیاه حنا نشانگر نسبتا کارایی است.