زون بندی مناطق حفاظت شده یک مساله تصمیم گیری است که ذاتا نیاز به ارزیابی ویژگی های متعدد زمین با تو جه به اهداف چندگانه دارد. در این مطالعه با هدف ارزیابی پناهگاه حیات وحش قمیشلو برای تفکیک فعالیت های تعارض آمیز انسانی از یکدیگر و جلوگیری از اثرات آنها برهم، با استفاده از روش ارزیابی چندمعیاره به شناسایی و تهیه اطلاعات مورد نیاز جهت زون بندی پناه گاه حیات وحش قمیشلو پرداخته شده است. بعد از شناسایی منابع با استفاده از سامانه اطلاعات جغرافیایی به تجزیه و تحلیل داده ها پرداخته شده و در نهایت نقشه زون بندی پناهگاه مذکور تهیه شده است. در این مطالعه 38% از پناهگاه به زون امن، 40% به زون حفاظت، 10% به زون تفرج گسترده، 7% به زون تفرج متمرکز و 5% به زون بازسازی اختصاص یافته است. همچنین زون فرهنگی با توجه به وجود چند قلعه باستانی در منطقه به صورت بافر به دور این آثار مشخص شده است.