تصفیه خانه آب شهر قوچان به روش پولساتور به همراه فیلترهای شنی تند، آب خروجی از سمت سد تبارک و همچنین ورود چند چشمه و چاه در مسیر خط انتقال تا تصفیه خانه را تصفیه می کند. در حالت کلی بنا به فرآیند تصفیه، خوشبختانه هیچگونه آلودگی میکروبی درخروجی آن مشاهده نمی گردد و میزان کدورت و برخی از پارامترهیا فیزیکی و شیمیای در دامنه قابل قبولی قرار دارند اما در خصوص میزان سختی و منیزیم و سولفات مقدار خروجی از تصفیه خانه بالاتر از حداکثر مجاز استانداردهای ملی و بین المللی قرار دارد که این موضوع به بالا بودن این پارامترها در آب های زیرزمینی منطقه بر می گردد که با توجه به اینکه در قسمت عمده ای از مسیر خط انتقال آب از سد تبارک تا تصفیه خانه بصورت روباز انجام می گردد و ورود آلودگی های طبیعی، غیرطبیعی و آبهای زیرزمینی به آن اجتناب ناپذیر است باید ترتیبی اتخاذ گردد که مسیر خط انتقال بصورت خط لوله صورت گیرد که اگر این کار صورت نگیرد جهت کاهش موارد یاد شده در تصفیه خانه هزینه های هنگفتی باید صرف شود.