معماری و شهرسازی بومی ایران با بهره گیری از عالم طبیعت فضاهایی را ایجاد نموده که طی فرون متمادی علاوه برک اران بودن توانسته کیفیت زیست را همساز با اقلیم ارتقاء دهد. معماران با بهره گیری از خلاقیت و توانمدی در فضاسازی الگوهای متناسب با شرایط زیست اقلیمی را در فلات مرکزی ایران ساخته اند که با رجوع به بافت های تاریخی - فرهنگی تحول بنیادی را در گسترش شهرسازی و کیفیت زندگی می توان مشاهده نمود. مدارس علوم دینی به عنوان یکی از کانون های علمی در گذشته توانسته با پرورش عالمان و دانشمندانی بنام در حوزه های متفاوت علوم نقش موثری در پایداری فرهنگ اسلامی ایفا نماید. مدرسه علیا بعنوان یکی از قطب های علمی که در دوره صفویه بنا شده و در بافت تاریخی تون (فردوس) قرار دارد چنین رساتلی را انجام می دهد. در این تحقیق سعی گردیده نقش همزیستی با طبیعت در معماری مدرسه که در مدرسه علیای تون با فرم گودال باغچه تلفیق شده مورد واکاوی قرار گیرد در پژوهش حاضر روش تحقیق توصیفی - تحلیلی بوده است نتیجه حاصل از این پژوهش مشخص می سازد حضور طبیعت با ایجاد گودال باغچه درم عماری مدرسه ظرفیت ها و قابلیت های ذاتی فضا را افزایش داده و از آن میت وان در حفظ و زنده سازی معماری بومی بهره گرفت.