به‌منظور بررسی اثر کودهای مختلف (زیستی، آلی و معدنی) بر برخی صفات گوجه‌فرنگی(Lycopersicon esculentum) آزمایشی در قالب طرح کرت‌های خردشده بر پایه بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در سال زراعی 92-1391 در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه فردوسی مشهد اجرا شد. دو نوع کود زیستی نیتروکسین حاوی باکتری Azotobacter sp. و Azospirillum sp. و بیوآمینوپالیس حاوی باکتری Azotobacter sp. و شاهد به‌عنوان عامل کرت اصلی و کود آلی ماهی و کود آلی کمپوست قارچ که به‌اختصار SMC نامیده می‌شود و مخلوط کودهای شیمیایی و شاهد به‌عنوان عامل کرت فرعی مدنظر قرار گرفتند. صفاتی شامل (عملکرد کل در هکتار، تعداد کل میوه در هر بوته، درصد میوه‌های سالم در هر بوته، درصد میوه‌های معیوب در هر بوته، وزن تک میوه و شاخص بریکس) موردمطالعه قرار گرفتند. نتایج آزمایش نشان داد که کود آلی ماهی عملکرد کل میوه گوجه‌فرنگی را در مقایسه با شاهد تقریباً 25 درصد و در مقایسه با کود شیمیایی نزدیک به 22 درصد افزایش داد. همچنین کود آلی SMC عملکرد کل میوه گوجه‌فرنگی را در مقایسه با شاهد تقریباً 23 درصد و در مقایسه با کود شیمیایی نزدیک به 20 درصد افزایش داد. به علاوه دو کود زیستی (نیتروکسین و بیوآمینوپالیس) عملکرد کل میوه گوجه‌فرنگی را در مقایسه با شاهد تقریباً 30 افزایش دادند. کمترین تعداد کل میوه گوجه‌فرنگی در هر بوته در اثر استفاده از کود آلی SMC مشاهده شد. بیشترین و کمترین درصد میوه سالم گوجه‌فرنگی به ترتیب مربوط به اثر متقابل کود زیستی نیتروکسین و ماهی (حدود 94 درصد) و اثر متقابل کود زیستی نیتروکسین و شاهد ( حدود 85 درصد) مشاهده شد. کمترین درصد میوه معیوب گوجه‌فرنگی در اثر متقابل کود زیستی نیتروکسین و ماهی (حدود 6 درصد) مشاهده شد که نسبت به اثر متقابل کود زیستی نیتروکسین با شاهد حدود 9 درصد کاهش داشت. بیشترین وزن تک میوه گوجه‌فرنگی در اثر استفاده از کود آلی SMC مشاهده شد. نهایتاً تفاوت در شاخص بریکس بین کودهای زیستی، کودهای آلی، کود شیمیایی و شاهد معنی‌دار نبود. هدف از این تحقیق، جایگزینی کودهای شیمیایی با کودهای بیولوژیک و آلی در گوجه‌فرنگی و درنتیجه کاهش مصرف نهاده‌ها و آلودگی‌های زیست‌محیطی و درنهایت عرضه محصول سالم به بازار می‌باشد.