برنج یکی از محصولات غذایی اصلی بیش از نیمی از مردم جهان است که در مساحتی بالغ بر 145 میلیون هکتار کشت می‌شود. وقوع تنش‌های زنده و غیرزنده از قبیل بیماری باکتریای بلایت، غرقابی و ورس باعث افت قابل توجهی در عملکرد برنج و افت کیفیت دانه آن می¬گردد. در این تحقیق، 38 رقم برنج ایران از نظر نشانگرهای مولکولی مرتبط با سه صفت بیماری بلایت، پاکوتاهی و غرقابی مورد بررسی ژنتیکی قرار گرفتند. برای مقاومت به بیماری بلایت از سه نشانگر PTA248، RG136 و RG556، برای مقاومت به تنش غرقابی از نشانگر ریزماهواره RM217 و برای صفت پاکوتاهی از نشانگر مربوط به ژن Sd-1 به نام Sd استفاده شد. بیشترین مقدار PIC مربوط به پرایمر RG136 با 53/0 و کمترین PIC مربوط به پرایمر RM با 39/0 می¬باشد. در این بین، پرایمر RG136 باندهای مونومورف نشان داد که قطعات منومورف حاصل با استفاده از آنزیم Hinf I هضم شد که در نتیجه آن در 38 نمونه، دو گونه جهش یافته برای سایت برشی Hinf I و یک گونه حساس برای بیماری بلایت مشخص شدند. تعداد آلل¬های موثر نشانگرهای مورد مطالعه بین 76/1 و 96/1 متغیر بود. میزان ضریب شانون برای پرایمر RG136 با اندازه 69/0 بدست آمد. در این تحقیق، هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای پرایمر RG136 برابر 92/0 محاسبه شد، در حالی که هتروزیگوسی مورد انتظار برای این مکان ژنی 5727/0 بود که این نشاندهنده تنوع مناسب این مکان ژنی است. با انجام تجزیه کلاستر با استفاده از الگوریتم‌های UPGMA و SM مشخص شد که بیشترین تشابه ژنتیکی بین رقم‌های اهلمی طارم، ندا، ST1-503، ST208، NA9 و NAT و کمترین تشابه ژنتیکی بین دو رقم دیلمانی و صدری وجود داشت. بر اساس این نتایج، جمعیت مورد تحقیق به چهار گروه تقسیم شد.