شکمبه، یک اتاق تخمیر باز است که در واقع میکروارگانیسم¬ها ساکنان اصلی این محیط هستند که به صورت بی-هوازی ترکیبات پیچیده و مرکب را مورد هضم و نهایتاً تولید اسیدهای تخمیری کرده و توده های سلولی میکروبی را برای بهره¬وری بالا برای حیوان میزبان فراهم می¬کنند. از محصولات تخمیر عمده تولید شده، اسیدهای چرب فرار (VFA) هستند که از طریق شکمبه وارد خون می¬شوند و جریان خروجی از سلول¬های میکروبی به سمت شیردان و روده¬کوچک انرژی و پروتیین مورد نیاز حیوان میزبان را تأمین می¬کند. جمعیت میکروبی شکمبه پیچیده¬اند و اعضایشان وابسته به سه گروه از میکروارگانیسم¬ها هستند؛ یوباکتریا (باکتریها)، آرکی¬ها (متانوژنزها) و یوکاریاها (پروتوزوآ و قارچ¬ها). باکتری¬ها از اعضای مهم و قابل¬توجه در توده¬های جمعیت میکروارگانیسمی شکمبه محسوب می-شود. متانوژنزها نیز فقط یکبار در زمره باکتری¬ها به دلیل شباهت مرفولوژیکی¬اشان مطرح و بیان شدند. قارچ¬ها در شکمبه به کمک خصوصیت چرخه زندگی دو مرحله¬ایشان مشخص شدند. مرحله زئوسپوریک که شامل بطور فعالی حرکت و جنبش دارند، هاگ¬هایشان تاژکدار شده و به ذرات غذایی متصل می¬شود و شروع به رشد کرده و در داخل مرحله نباتی شامل ساختار میسیلیوم توسعه می¬یابند. ساختار میسیلیوم که بطور ویژه¬ای به ذرات غذایی اتصال می-یابد که البته در برابر انزیم¬های تولید شده هیدرولیتیک نیز پاسخگو می¬باشد. بهرحال، براساس برآوردها و ارزیابی-های مستقیم، تعداد قارچ¬های شکمبه را در حدود 10درصد از کل توده میکروبی شکمبه بیان می¬کنند.