در این پژوهش به منظور ارزیابی و مطالعه میزان و اجزاء تشکیل دهنده اسانس و خاصیت ضد میکروبی یک گونه از کاکوتی موجود در دو منطقه رویشی از استان یزد در ایران، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی در 3 تکرار به مورد اجرا گذاشته شد. اسانس گیری به روش تقطیر با آب توسط کلونجر انجام شد و میزان و اجزاء تشکیل دهنده اسانس توسط دستگاه کروماتوگراف گازی(GC) و کروماتوگراف گازی متصل به طیف نگار جرمی (GC/MS) مورد بررسی قرار گرفت. بررسی خاصیت ضد میکروبی اسانس کاکوتی دو منطقه با استفاده از روش دیسک دیفیوژن بر مخمر کندیدا آلبیکنس و باکتری اشریشیاکلای و استافیلوکوکوس اورئوس انجام شد. نتایج بدست آمده از این پژوهش، نشان داد که میانگین درصد اسانس در کاکوتی برداشت شده از منطقه قرق باغ شادی (36/0%)، بود و این میزان کمتر از کاکوتی منطقه کُرخنگان با میانگین درصد اسانس (66/0%) بود. تفاوت میانگین اسانس‌های این دو گیاه در سطح احتمال یک درصد معنی دار بود. همچنین پنجاه و یک تركيب در اسانس گیاه دارویی کاکوتی برداشت شده از منطقه قرق باغ شادی جمعا (93/99%) از کل اسانس را تشکیل داد. تركيبات عمده اسانس کاکوتی برداشت شده از منطقه قرق باغ شادی به ترتيب میزان اجزاء عبارت از پولگون (84/66 %)، تیمول (71/8 %) ، arترمرون(1/8 %) ، پی منتا3 ان 8اُل (34/2 %) ، کارواکرول (94/1 %) تعیین شد، درخصوص کاکوتی منطقه کرخنگان چهل و چهار ترکیب در اسانس این گیاه دارویی شناسايي که جمعا (95/99 %) از کل اسانس را تشکیل داد. تركيبات عمده اسانس کاکوتی منطقه کرخنگان به ترتيب میزان اجزاء عبارت از پولگون (68/63 %)، پی منتا3 ان 8 اُل (1/21 %)، ترانس پولگون (58/2 %) و ایزوپولگون (72/1 %) بودند. نتایج کشت میکروبی حاکی از آن بود که گیاه برداشت شده از هر دو منطقه دارای خاصیت ضدقارچی و ضد میکروبی بالایی بودند. عملکرد گیاه برداشت شده از هر دو منطقه در برابر مخمر کندیدا آلبیکنس بالاترین و پس از آن باکتری اشریشیاکلای بود. عملکرد اسانس گیاه از هر دو منطقه در برابر باکتری استافیلوکوکوس اورئوس ضعیف‌تر بود.