گیاه بالنگو (Lallemantia royleana) گیاهیست دارویی از تیره نعنائیان که دارای 5 گونه می¬باشد. این گیاه یکی از گیاهان کمتر شناخته شده است که به¬دلیل خواص متعدد دارویی و استفاده در صنایع مختلفی چون رنگرزی و دباغی قرن¬هاست که مورد استفاده قرار می¬گیرد. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 16 توده گیاه بالنگو متعلق به گونه L.ryoleana جمع¬آوری شده از استان-های اصفهان، فارس، تهران، قزوین، خراسان رضوی، مرکزی و سمنان با استفاده از 17 آغازگر، نشانگر ISSR بررسی گردید. تعداد باند¬های هر آغازگر از 6 تا 12 متغیر بود و در مجموع 95 قطعه تکثیری امتیاز¬دهی شدند، که تمامی این نوار¬ها در سطح جمعیت پلی¬مورف بودند. میانگین محتوای اطلاعات چند¬شکلی آغازگر¬ها (PIC)،(30/0) برآورد گردید و آغازگر¬های UBC-856 بالاترین مقدار PIC (33/0) را نشان دادند. تجزیه خوشه¬ای به روش UPGMA و با استفاده از ضریب تطابق ساده 16 توده و 63 ژنوتیپ را در 5 گروه مجزا گروه¬بندی کرد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع ژنتیکی به¬طورعمده در درون جمعیت-های مورد بررسی (71درصد) بیشتر از بین جمعیت¬ها(29درصد) بود. نتایج این مطالعه اطلاعات لازم را برای بر¬آورد سطح تنوع ژنتیکی در مجموعه¬های ژرم پلاسمی جمعیت¬های بالنگو مورد بررسی در مطالعات ژنتیکی و اصلاح نباتات فراهم نمود.