تنوع ژنتيكي در ژرم پلاسم گياه، تعيين ساختار ژنتيكي و پتانسيل هر گونه گياهي قبل از انجام هر كار اصلاحي و معرفي ارقام كيفي با عملكرد بالا، امري لازم و ضروري در توسعه استراتژی¬هاي جمع¬آوري و حفاظت مواد گياهي به عنوان منابع ژنتيكي مي-باشد. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 16 توده سیاه دانه ایرانی با استفاده از 9 آغازگر SCOT مورد ارزیابی قرار گرفت که همگی باند¬های تکرارپذیر مناسب تولید کردند. در نتایج حاصل از این تحقیق 73 باند امتیازبندی شد که 52 باند آن چندشکلی را به نمایش گذاشتند. میانگین محتوای چندشکلی اطلاعات (PIC) برای آغازگرهای استفاده شده از حداقل 1348/0 تا حداکثر 2442/0 متغیر بود.آغازگر 1 P بالاترین مقدار PIC (2442/0) را دارا بود. روابط ژنتیکی بین نمونه¬ها با استفاده از ضریب تشابه جاکارد محاسبه شد و تجزیه خوشه¬ای به روش UPGMA، 16 توده مورد مطالعه را در 7 گروه قرار داد که مطابق مناطق جغرافیایی ایران نبود. نتایج این پژوهش نشان داد که نشانگرهای SCOT به طور مؤثری می¬توانند برای مطالعه تنوع ژنتیکی توده¬های سیاه ¬دانه استفاده شوند.