1- پپتید های فعال زیستی و کاربرد آنها در صنایع مختلف 2- مهندسی پروتئین و آنزیم و کاربرد آن ها 3- پروتئین ها و بیماری های متابولیکی 4- فولدینگ، پویایی ساختاری و پایداری پروتئین ها 5- شیمی و فیزیک پروتئین ها و پپتیدها 6- کاربرد پروتئین ها و آنزیم ها در حل مسائل زیست محیطی 7- پروتئومیکس و پپتیدومیکس 8- بیومارکر های پروتئینی و پپتیدی 9- درمان های مبتنی بر پروتئین ها و پپتیدها 10- نوآوری در روش های تخلیص و سنجش های کمی پروتئینی 11 – برهمکنش دارو-پروتئین و پروتئین- پروتئین 12- محاسبات کامپیوتری در تحقیقات پروتئینی 13- طیف سنجی جرمی پروتئین ها و پپتیدها 14- طیف سنجی NMR پروتئین ها و پپتیدها 15- بلورشناسی پرتو ایکس پروتئین ها و پپتیدها 16- واکسن های مبتنی بر پروتئین و پپتید 17- بیومواد مبتنی پروتئینی و پپتیدی 18- نانوتکنولوژی پروتئینی و پپتیدی