در بين نشانگر هاي ژنتيكي، توالي‌يابي ژنوم ميتوكندري يكي از بهترين و رايج ترين روش ها براي طبقه بندي ژنتيكي جمعيت ها و گونه هاي نزديك به هم، بررسي امكان اشتقاق گونه هاي مختلف از يك جد مشترك، مطالعه رابطه فیلوژنی هر موجود با سایر گونه‌ها و نژادها و دستيابي به راهكارهايي براي حفظ ذخاير ژنتيكي مي باشد. هدف از این تحقیق، تعیین توالی ناحیه cytB ژنوم میتوکندری گاوميش خوزستان می باشد. برای انجام این تحقیق تعداد 30 عدد نمونه خون از هر دو جنس از گاوميش هاي غير خويشاوند جمع آوری شد. پس از استخراج DNA از آنها، ناحیه مورد نظر توسط پرایمرهای اختصاصی با تکنیک PCR تکثیر و پس از خالص‌سازی توالی‌یابی شدند. پس از تعیین توالی، با مقایسه توالی cytB ژنوم گاوميش خوزستان با توالی ناحیه مشابه از ژنوم گاوميش هاي سایر نژاد ها از مناطق مختلف جهان، مشخص شد این نژاد نزديك به گاوميش¬هاي بومي پاكستان و چین قرار دارد.