چای ترش یکی از مهم ترین گیاهان داروئی با خواص چندگانه است. بررسی تنوع ژنتیکی در برنامه های به نژادی از اهمیت ویژه ای برخوردار است. این پروژه به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های چای ترش ایران با استفاده از نشانگر ISSR و برخی صفات مورفولوژیک انجام شد. در این طرح توده¬های مختلف چای ترش منطقه جنوب شرق و شمال ایران که شامل جمعیت¬های زابل، دلگان، زاهدان، جیرفت و ساری بود مورد بررسی قرار گرفت. در بررسی مولکولی با استفاده از 6 آغازگر، در مجموع 58 باند چند شکلی تولید شد که متوسط تعداد باند چند شکل به ازای هر آغازگر66/9 باند بود. میانگین شاخص شانون و هتروزیگوسیتی مورد انتظار برای کل آغازگرها به ترتیب برابر با 35/0 و 24/0 بدست آمد. آغازگر UBC 828 و UBC 818 بیشترین شاخص شانون و هتروزیگوسیتی مورد انتظار و درصد پلی مورفیسم را نشان دادند. در نتیجه می¬توان استفاده از این آغازگرها را برای بررسی تنوع ژنتيکی سایر توده های چای ترش در اولویت قرار داد. توده دلگان بیشترین فراوانی آللی (53) و توده جیرفت کمترین فراوانی آللی (46) را داشتند، همچنین توده جیرفت بیشترین (284/0) و توده ساری کمترین (204/0) میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار را داشتند و دو نوار اختصاصی در توده دلگان یافت شد. نتایج تجزیه به مختصات اصلی جمعیت ها نشان داد که پراکندگی ژنوتیپ ها درون جمعیت ها بسیار زیاد است. نتایج حاصل از کلاسترینگ نیز افراد را به پنج گروه تقسیم کرد. گروهبندی تجزیه خوشه ای نتایج تجزیه مختصات اصلی را تایید کرد. با توجه به آزاد گرده افشان بودن گیاه می توان نتیجه گرفت که جمعیت ها از هتروزیگوسیتی نسبی برخوردار هستند. تنوع ژنتیکی این جمعیت ها نشان دهنده قابلیت بالای این توده ها برای استفاده در برنامه های به نژادی می باشد.