RNAi به عنوان جدیدترین و کارامدترین ابزار خاموش کردن اختصاصی بیان ژن‏ها در سطح رونویسی و پس از رونویسی شناخته شده است. در فرآیند بیولوژیکی RNAi، مولکول RNA از طریق مهار mRNA ژن هدف، مانع بیان ژن در سطح پس از رونویسی شده و طی این فرآیند مولکول RNA دو رشته‏ای از بیان ژن معینی جلوگیری می‏کند. این ژن از نظر توالی با RNA دو رشته‏ای همولوگ است و مهار از طریق تجزیه mRNA ژن هدف صورت می‏گیرد از این‌رو این سازوکار، به عنوان خاموشی پس از رونویسی مطرح شده است. ساختار mRNA هدف یکی از مهمترین عوامل تأثیرگذار بر کارآیی خاموشی محسوب می‏شود. ساختار ناحیه هدف در mRNA اثر قوی بر تخریب رونوشت ژن هدف دارد. امروزه استفاده از تکنیک RNAi به منظور خاموشی ژن‏هایی نظیر DMC1 مورد توجه قرار گرفته است. جهت شناسایی بهترین جایگاه خاموشی این ژن در گیاه فلفل ‌دلمه‌ای از ناحیه ORF آن استفاده گردید و بدین ترتیب بازه‌های 200 نوکلئوتیدی به فاصله 10 نوکلئوتید تهیه شد که در مجموع 83 توالی nt 200 از ژن DMC1 به‌دست آمد. توالی‌ها به منظور ترسیم ساختار دوم mRNA به نرم‌افزار تحت وب mfold وارد و در انتها هفت بازه nt 200 براساس شاخص اندازه لوپ انتخاب شد. جهت بررسی siRNAها از نظر درصد GC و همچنین بررسی اثرات off-target از نرم‌افزار تحت وب siRNA Scan استفاده گردید. توالی این هفت بازه منتخب از ژن DMC1 به صورت آنتی‌سنس_اینترون_‌سنس کنار هم قرار گرفت و آنگاه از بین آن‌ها، بازه‌های nt 10-210 و nt 20-220 با تعدادsiRNA کمتر و با داشتن اثرات off-target کمتر به عنوان توالی‌های منتخب انتخاب شد. سپس مقدار G∆ این توالی‌ها‌ بررسی شد و مشخص شد که بازه nt 10-210 دارای سطح پایداری بالایی می‌باشد. در نهایت بازه nt 10-210 با تعداد siRNA کمتر و اثرات off-target کمتر و داشتن پایداری بیشتر به عنوان بهترین ناحیه جهت خاموشی ژن DMC1 معرفی شد.