Loading
0 رای
  • مطالعه بیوانفورماتیکی ساختار mRNA ژن DMC1 جهت خاموشی این ژن درگیاه فلفل ‌دلمه‌ای (Capsicum annuum L.)

  • نویسندگان مقاله
    • زهرا فرجود چوکامی دانشجوی کارشناسی ارشد گروه ژنتیک و به‌نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس.
    • محمدصادق ثابت استادیار گروه ژنتیک و به‌نژادی گیاهی، دانشگاه تربیت مدرس.
    • امیرمحمد ناجی استادیار گروه زراعت و اصلاح ‌نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد.
  • چکیده مقاله

    RNAi به عنوان جدیدترین و کارامدترین ابزار خاموش کردن اختصاصی بیان ژن‏ها در سطح رونویسی و پس از رونویسی شناخته شده است. در فرآیند بیولوژیکی RNAi، مولکول RNA از طریق مهار mRNA ژن هدف، مانع بیان ژن در سطح پس از رونویسی شده و طی این فرآیند مولکول RNA دو رشته‏ای از بیان ژن معینی جلوگیری می‏کند. این ژن از نظر توالی با RNA دو رشته‏ای همولوگ است و مهار از طریق تجزیه mRNA ژن هدف صورت می‏گیرد از این‌رو این سازوکار، به عنوان خاموشی پس از رونویسی مطرح شده است. ساختار mRNA هدف یکی از مهمترین عوامل تأثیرگذار بر کارآیی خاموشی محسوب می‏شود. ساختار ناحیه هدف در mRNA اثر قوی بر تخریب رونوشت ژن هدف دارد. امروزه استفاده از تکنیک RNAi به منظور خاموشی ژن‏هایی نظیر DMC1 مورد توجه قرار گرفته است. جهت شناسایی بهترین جایگاه خاموشی این ژن در گیاه فلفل ‌دلمه‌ای از ناحیه ORF آن استفاده گردید و بدین ترتیب بازه‌های 200 نوکلئوتیدی به فاصله 10 نوکلئوتید تهیه شد که در مجموع 83 توالی nt 200 از ژن DMC1 به‌دست آمد. توالی‌ها به منظور ترسیم ساختار دوم mRNA به نرم‌افزار تحت وب mfold وارد و در انتها هفت بازه nt 200 براساس شاخص اندازه لوپ انتخاب شد. جهت بررسی siRNAها از نظر درصد GC و همچنین بررسی اثرات off-target از نرم‌افزار تحت وب siRNA Scan استفاده گردید. توالی این هفت بازه منتخب از ژن DMC1 به صورت آنتی‌سنس_اینترون_‌سنس کنار هم قرار گرفت و آنگاه از بین آن‌ها، بازه‌های nt 10-210 و nt 20-220 با تعدادsiRNA کمتر و با داشتن اثرات off-target کمتر به عنوان توالی‌های منتخب انتخاب شد. سپس مقدار G∆ این توالی‌ها‌ بررسی شد و مشخص شد که بازه nt 10-210 دارای سطح پایداری بالایی می‌باشد. در نهایت بازه nt 10-210 با تعداد siRNA کمتر و اثرات off-target کمتر و داشتن پایداری بیشتر به عنوان بهترین ناحیه جهت خاموشی ژن DMC1 معرفی شد.

  • کلید واژه

    خاموشی ژن/ ژن DMC1/ ساختار mRNA هدف/ اثر off-target

  • راهنمای خرید و دانلود
    • اگر در مجموعه ConfPaper عضو نیستید، به راحتی می توانید از طریق دکمه زیر اصل این مقاله را خریداری نمایید .
    • با عضویت در ConfPaper می توانید اصل مقالات را با حداقل 20 درصد تخفیف دریافت نمایید .
    • برای عضویت به صفحه ثبت نام مراجعه نمایید .
    • در صورتی که عضو این پایگاه هستید،از قسمت بالای صفحه با نام کاربری خود وارد سایت شوید .
    • لینک دانلود فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال میگردد و پس از گذشت 10 روز منقضی میگردد .
نظرات کاربران

برای ارسال نظر، لطفا وارد حساب کاربری خود شوید.