یون نیترات یکی از مهمترین آلاینده های منابع آب است که به عنوان یک شاخص در آلودگی های زیست محیطی مورد بررسی قرار می گیرد و دارای دو منشا طبیعی و مصنوعی است. این یون یکی از منابع آلودگی منابع آب است که عمدتا در مکانهایی که فاضلاب های خانگی یا کشاورزی رها می شوند دیده می شود. روش های حذف نیترات غالبا به دو گروه روش های فیزیکوشیمیایی و بیولوژیکی تقسیم می شود. در طی این تحقیق تعداد 40 نمونه از منابع آب زیرزمینی دشت مشهد مطالعه شده و غلظت آنیون و کاتیون های اصلی به همراه نیترات، BOD ، COD و غلظت کلیفرم های مدفوعی در آنها بررسی شده است. کاهش غلظت یون نیترات در منابع آب که در معرض آلودگی قرار داشته توسط متانول و بر طبق برنامه کامپیوتری که در مدل PHREEQC نوشته شده مدل سازی شده است. متانول سبب تبدیل یون نیترات به گاز نیتروژن می شود که این مسئله سبب کاهش غلظت این یون در منابع آب زیرزمینی می شود. نتایج تحقیق فوق بر روی چاه هایی با آلودگی نیترات در دشت مشهد نشان می دهد که کاهش غلظت یون نیترات با متانول در این چاه ها موثر بوده و سبب کاهش غلظت یون نیترات می شود و می تواند در کنار سایر مدل های حذف یون نیترات در منابع آب مورد بررسی قرار گیرد.